Perkembangan pondok pesantren di Indonesia saat ini, disadari atau tidak
memang terdapat pondok pesantren yang mengalami pergeseran, yaitu pada
awal berdirinya adalah pondok pesantren salafiyah (tidak menyelenggarakan
pendidikan formal, seperti madrasah atau sekolah), tapi lambat-laun pesantren
tersebut jumlah santrinya mulai berkurang, karena tidak relevan dengan
kebutuhan kehidupan masyarakat, akhirnya pengasuh (kyainya) dengan alas an untuk memenuhi kebutuhan masyarakat, pesantren tersebut menyelenggarakan pendidikan formal (madrasah atau sekolah). Pondok pesantren telah mengalami diversifikasi. Sebagian pondok pesantren
masih konsisten dengan tafaqquh fiddin dan sebagian lainnya mengembangkan pendidikan madrasah atau sekolah umum sebagai upaya adaptasi terhadap perubahan lingkungan masyarakat yang dihadapinya. Pondok pesentren yang berorientasi tafaqquh fiddin tetap mendasari penyelenggaraan pendidikan di pondok pesantren sebagai ruh atau jati diri pondok pesantren yang harus dipertahankan dan dilestarikan. Karena itu, mengintegrasikan pendidikan pesantren berbasis tafaqquh fiddin dengan misi pendidikan lainya seperti pendidikan sekolah dapat diterima dalam kerangka memberikan warna pendidikan umum tersebut dengan visi tafaqquh fiddin.
Sebaliknya, apabila pesantren dijadikan sekedar wadah bagi penyelenggaraan
pendidikan umum, maka lambat laum jiwa tafaqquh fiddin dalam pesantren akan hilang. Selanjutnya, apabila ruh tafaqquh fiddin pada pesantren telah hilang, maka ruh pendidikan keagamaan Islam juga akan menjadi sirna dari pondok pesantren dan pada gilirannya sistem pendidikan di pesantren akan dapat bercorak sekuler. Oleh karena itu, pondok pesantren sebagai lembaga pendidikan keagamaan yang murni berkarakter keindonesiaan dipandang mampu menjaga, memelihara dan mengawetkan (conservation) tafaqquh fiddin dan tradisi Islam yang telah dikembangkan ulama melalui pendidikan di pondok pesantren dalam rangka melahirkan ahli ilmu agama yang handal.