Corak pendidikan yang dikembangkan oleh para Kiai degan lembaga pendidikan tradisional yang disebut pondok pesantren. Corak pendidikan pondok pesantren merupakan lembaga pendidikan yang sudah tua, tetapi hingga kini masih tetap eksis dan telah banyak melahirkan para ahli dalam bidang ilmu agama. Ada pula corak pendidikan madrasi yaitu pendidikan yang dikembangkan secara modern dengan menggunakan klas untuk belajar dan tingkatan jenjang pendidikan. Corak pendidikan ini biasa disebut madrasah mulai dari tingkat dasar, menengah dan atas. Sedang untuk pendidikan tinggi disebut Pendidikan Tinggi Agama. Di lingkungan pondok pesantren, untuk pendidikan setara pendidikan tinggi agama dikembangkan apa yang disebut Ma'had Aly. Corak pendidikan tersebut memiliki manajemen, sistem, metode, materi dan bahan ajar sesuai dengan tujuan dari masing-masing lembaga tersebut.