Pada tahun 2003, Puslitbang Pendidikan Agama dan Keagamaan, Badan Litbang dan Diklat Departemen Agama RI melakukan penelitian tentang Pondok Pesantren Islam Al-Mukmin Ngruki, Solo. Penelitian ini mencoba untuk menggali data dan informasi secara komprehensif tentang Pesantren Ngruki-demikian masyarakat luas lebih mengenalnya- tidak saja sebagai lembaga pendidikan dan dakwah, melainkan juga sebagai lembaga sosial yang memiliki peran yang lebih luas, khususnya terkait dengan idealisme pesantren mewujudkan cita-cita dan kepentingan masyarakat Muslim di Indonesia.

Informasi yang diperoleh, pada gilirannya mengkonfirmasi dugaan keikutsertaan yang cenderung dialamatkan kepada pihak pesantren, khususnya Pesantren Ngruki dalam berbagai tindak kekerasan di Indonesia, menjelang dan awal paruh pertama tahun 2000-an yang dilakukan oleh kelompok radikal keagamaan.

Upaya 'tabayyun' Pemerintah melalui penelitian ini dianggap penting sebab sebagai salah satu model lembaga Pendidikan Agama dan Keagamaan yang diselenggarakan oleh masyarakat, di sisi lain pesantren juga merupakan sebuah lembaga yang paling berpengaruh dalam melakukan transformasi sosial-keagamaan karena kuatnya basic dan kultur pesantren menciptakan pandangan hidup santri yangdirumuskan dalam sebuah tata nilai (value system) yang utuh dan lengkap dalam kehidupan keseharian.

Sementara berbagai analisis menyatakan bahwa pesantren yang memelihara semangat asketisme dan puritanisme dapat melahirkan subkultur yang berbeda dengan kultur masyarakat sekitarnya yang pada gilirannya akan berbentuk suatu enclave. Bila realitas tersebut salah dipahami orang luar, maka dengan mudah diinterpretasikan sebagai kelompok eksklusif, fanatik, fundamentalis bahkan "teoris." Persoalannya adalah bagaimana masyarakat dapat memahami dan menerima perbedaan pemahaman agama tersebut dengan sikap saling menghormati satu dengan yang lain.